| Název projektu: |
Zefektivnění veřejného systému miXGENE pro integrativní analýzu molekulárních dat |
| Řešitel: |
doc. Ing. Jiří Kléma, Ph.D. |
| Instituce řešitele: |
ČVUT |
| Spoluřešitel(é): |
Ing. František Malinka (ČVUT), Ing. Ondřej Votava (ČVUT), Ing. Karel Jalovec (ČVUT), Ing. Michal Anděl (ČVUT) |
| Ročník: |
2016/1 |
| Doba řešení projektu: |
17.8.2016 - 17.8.2017 |
| Téma: |
Pokročilé aplikace využívající e-infrastrukturu CESNET. |
| Anotace: |
NNa ČVUT byl v minulých letech vyvinut veřejný systém miXGENE (http://mixgene.felk.cvut.cz) pro automatické učení z heterogenních omických (genomických, proteomických, metylačních) dat. Naměřená data dodává uživatel vlastní, systém při integrativní analýze využívá i existující znalost molekulárních dějů formalizovanou v podobě grafů, ontologií či kuratovaných množin příbuzných genů. Data pocházejí z tzv. High-troughput technologií a mohou být rozsáhlá. Systém umožňuje sjednocení a souhrnné vyhodnocení uživatelských omických dat s využitím všech vhodných zdrojů existující strukturované znalosti. Výsledkem učení, resp. Datové analýzy je buď deskriptivní nebo prediktivní model, typisky model vysvětlující či predikující onemocnění. Nedávné testování systému prokázalo, že k netriviálnímu využití všech jeho funkcí je třeba vysokého výpočetního výkonu, paralelizace klíčových algoritmů a také rychlý přenos potenciálně rozsáhlých dat mezi serverem a je uživateli. Tyto požaavky se násobí při současném využití větším počtem uživatelů (mj. pracoviště AV ČR). Cílem projetu je tedy zefektivnění existujícího systému miXGENE včetně rozšíření možností ukládání uživatelských projektů a urychlení datových přenosů mezi uživateli a serverem. |
| URL adresa projektu: |
https://fondrozvoje.cesnet.cz/projekt.aspx?ID=579 |