fondrozvoje.cesnet.cz
fondrozvoje.cesnet.cz fondrozvoje.cesnet.cz
Podrobnosti o projektu:
Název projektu: Zefektivnění veřejného systému miXGENE pro integrativní analýzu molekulárních dat
Řešitel: doc. Ing. Jiří Kléma, Ph.D.
Instituce řešitele: ČVUT
Spoluřešitel(é): Ing. František Malinka (ČVUT), Ing. Ondřej Votava (ČVUT), Ing. Karel Jalovec (ČVUT), Ing. Michal Anděl (ČVUT)
Ročník: 2016/1
Doba řešení projektu: 17.8.2016 - 17.8.2017
Téma: Pokročilé aplikace využívající e-infrastrukturu CESNET.
Anotace: NNa ČVUT byl v minulých letech vyvinut veřejný systém miXGENE (http://mixgene.felk.cvut.cz) pro automatické učení z heterogenních omických (genomických, proteomických, metylačních) dat. Naměřená data dodává uživatel vlastní, systém při integrativní analýze využívá i existující znalost molekulárních dějů formalizovanou v podobě grafů, ontologií či kuratovaných množin příbuzných genů. Data pocházejí z tzv. High-troughput technologií a mohou být rozsáhlá. Systém umožňuje sjednocení a souhrnné vyhodnocení uživatelských omických dat s využitím všech vhodných zdrojů existující strukturované znalosti. Výsledkem učení, resp. Datové analýzy je buď deskriptivní nebo prediktivní model, typisky model vysvětlující či predikující onemocnění. Nedávné testování systému prokázalo, že k netriviálnímu využití všech jeho funkcí je třeba vysokého výpočetního výkonu, paralelizace klíčových algoritmů a také rychlý přenos potenciálně rozsáhlých dat mezi serverem a je uživateli. Tyto požaavky se násobí při současném využití větším počtem uživatelů (mj. pracoviště AV ČR). Cílem projetu je tedy zefektivnění existujícího systému miXGENE včetně rozšíření možností ukládání uživatelských projektů a urychlení datových přenosů mezi uživateli a serverem.
URL adresa projektu: http://fondrozvoje.cesnet.cz/projekt.aspx?ID=579

Závěrečná zpráva:

Závěrečná zpráva (pdf)

Adresa:
Agentura Rady fondu rozvoje
Cesnet, z.s.p.o.
Zikova 4
160 00 Praha 6

Kontaktní osoba:
Ing. Lenka Pražáková
Tel.: +420 234 680 236
agentura-fr at cesnet dot cz

Valid XHTML 1.0 Transitional